廣州的碼頭分布特別復雜按區域分主要有黃埔港口、廣州內港、番禺區港口，并且管轄海關也不同。
1、黃埔港——分舊港和新港:
舊港碼頭：永業、嘉利、 舊港大碼頭、 烏沖 、廣裕碼頭(廟沙圍） 、集通、廟頭（太平洋、建翔）
新港碼頭： 集司、東江倉（東江外運碼頭）、穗港、全通（省農資倉）、市港澳（東江口）、廣保通
2、廣州內港：
新風港（現主要做進口，出口比較少船東走）、窖心碼頭、洲頭碼頭、芳村碼頭。
3、番禺區碼頭：蓮花山港。
4、南沙老港碼頭（南偉碼頭、東發碼頭）。
5、南沙新港。
廣州碼頭簡介：
廣州分為內港跟外港，在1986年之前廣州分別有廣州港務局（管轄內港）跟黃埔港務局（管轄外港）。到了1987年，由于廣州的發展需要，廣州港務局跟黃埔港務局合并，統稱為廣州港務局。 在今天，廣州的內港主要指新風、滘心、洲頭咀、芳村等地方的小碼頭。而目前這些碼頭是以操作進口貨為多，出口貨倒是比較少， 駁船公司往往將拆吉的集裝箱用駁船渡回香港或者是用拖車轉關的形式轉回黃埔港區備用，因為廣州的內港是屬于廣州海關管轄的。黃埔港區分布在廣州市以東，珠江跟東江的交匯處。由于所處的行政區域是廣州市的黃埔區， 所以大家很自然會將黃埔的碼頭統稱為黃埔港。在黃埔地區總共有13個碼頭，其中7個分布在老港港區，另外6個分布在新港港區（廣州經濟技術開發區內）。分布在黃埔老港港區的7個碼頭自西向東分別為：永業碼頭、嘉利碼頭、舊港大碼頭、烏沖口碼頭、廣裕碼頭、廟頭碼頭、建翔碼頭，上述的這些碼頭都是歸屬黃埔老港海關管轄。其中舊港大碼頭是屬于廣州港務局所有，烏沖口碼頭是屬于中外運公司所有，廣裕碼頭屬于中遠集團所有，其他的碼頭或多或少多有民營的成分。至于在黃埔新港港區的6個碼頭則是以東江與珠江的交匯處向東江里面延伸的。由下到上的碼頭排列分別是集司碼頭、東江倉碼頭、穗港碼頭、全通碼頭、市港澳碼頭以及廣保通碼頭。期中穗港碼頭隸屬開發區海關管轄；廣保通碼頭隸屬于保稅區海關管轄；剩下的四個碼頭隸屬于黃埔新港海關管轄。另外集司碼頭現在為廣州港務局與新加坡港務集團的合營企業，東江倉是屬于中外運公司所有；穗港碼頭是一個客貨兩用碼頭，有飛翔客船服務直達香港。開發區海關跟保稅區海關都隸屬于黃埔新港海關，但是所管轄的碼頭不能直接向黃埔新港海關直接申報貨物的進出口。而黃埔老港海關與黃埔新港海關夠成黃埔關區。該關區內的拖車是自由的，不存在轉關的需要，但是只要是從廣州海關管轄的碼頭進入黃埔海關管轄的碼頭就必須轉關。
在黃埔的13個碼頭中目前只有3個碼頭有直達的鐵路，可以在碼頭內做內裝的，分別是舊港的嘉利碼頭，舊港大碼頭以及黃埔新港的集司碼頭。其他的碼頭就沒有提供火車直到碼頭內換裝的服務了。
在黃埔的13個碼頭中目前只有3個碼頭有直達的鐵路，可以在碼頭內做內裝的，分別是舊港的嘉利碼頭，舊港大碼頭以及黃埔新港的集司碼頭。其他的碼頭就沒有提供火車直到碼頭內換裝的服務了。
南沙新港港是廣州市政府為發展海運物流大力投入開發的新海港碼頭，于2004年9月28日，正式投入使用。港區一期為4個5萬噸級集裝箱泊位。碼頭采用順岸布置形式，港區用地182萬平方米，港區陸域縱深規劃為1300米，堆場（包括預留堆場）面積100萬平方米。碼頭前沿設計水深-17米，目前水深-14.5米，港池寬度為600米；馬士基、COSCO、中海等船公司均持有股份。另外值得一提的是新的南沙港是隸屬于廣州海關的。請大家配貨出口時特別注意。
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